ชัยชนะของจาลัล อลดินได้ทำให้เมืองต่างๆ ที่อยู่ในกำมือของฝ่ายมองโกลลุกฮือขึ้นต่อต้าน เมืองต่างๆ อย่างเช่นเมืองเมิร์ฟ (Merv) บูคารา (Bukhara) และเฮรัต (Herat) ขับไล่กองทัพมองโกลออกไปได้สำเร็จ แถมกองทัพแควเรสเมียยังเข้าจู่โจมค่ายหลวงของเจงกิสข่านที่อยู่ที่เมืองแบกลาน (Baghlan) อยู่ด้วย
สถานการณ์จึงเริ่มพลิกกลับอย่างช้าๆ และดูเหมือนว่าฝ่ายแควเรสเมียจะกลับเป็นฝ่ายกระทำ เจงกิสข่านเองก็เริ่มรู้สึกตัวว่าจะดูเบาสถานการณ์ที่เกิดขึ้นไม่ได้อีกต่อไป แต่พระองค์ก็ยังไม่ได้เป็นกังวล เพราะข่านมองโกลนั้นเชี่ยวชาญในการศึกมาก และเคยตกอยู่ในสถานการณ์ที่ย่ำแย่กว่านี้มาแล้วหลายเท่า
สื่งแรกที่เจงกิสข่านลงมือตอบสนองต่อสถานการณ์คือส่งกองทหารเจนศึกสองกองยกขึ้นเหนือไปจัดการกับพวกกบฏ ส่วนตัวจาลัล อลดินนั้น พระองค์ตั้งพระทัยว่าจะจัดการด้วยพระองค์เอง
ปัญหากองทัพอัฟกัน
สำหรับฝั่งของจาลัล อลดินนั้น แม้ว่าจะเพิ่งได้รับชัยชนะ แต่สถานการณ์ของพระองค์กลับย่ำแย่ก่อนยุทธการแห่งปาร์วันเสียอีก สาเหตุก็คือเรื่องที่จาลัล อลดินปฏิเสธที่จะลงโทษเชื้อพระวงศ์ของพระองค์เพื่อผดุงกฎของกองทัพและความยุติธรรม ทำให้หัวหน้าของพวกอัฟกันทิ้งพระองค์ไปทันทีและนำเหล่ากองทหารอัฟกันไปจนหมด
กองทหารอัฟกันนี้มีบทบาทสำคัญมากในยุทธการที่ผ่านมา เพราะสามารถต้านทานการโจมตีของกองทัพมองโกลเอาไว้ได้ จนเปิดโอกาสให้จาลัล อลดินตีโต้จนได้รับชัยชนะ การสูญเสียของกองทัพอัฟกันไปจนเกือบหมด ทำให้กองทหารของจาลัล อลดินลดน้อยลงกว่าเดิมอย่างมาก
ตลอดเดือนเศษหลังจากนั้นจาลัล อลดินพยายามจะเกลี้ยกล่อมให้กองกำลังอัฟกันกลับมาเหมือนเดิม ซึ่งก็เป็นผลสำเร็จ แต่กองทัพอัฟกันกลับไม่สามารถมาร่วมกับจาลัล อลดินได้ เพราะเจงกิสข่านได้ส่งกองทัพมองโกลเข้าสกัดตามช่องทางการเดินทัพทั้งหมด ทำให้กองทัพอัฟกันไม่สามารถเดินทางมาถึงได้
จาลัล อลดินจึงเร่งส่งกองทัพออกไปตีกองทัพมองโกล ซึ่งก็ได้รับชัยชนะ กองทัพอัฟกันจึงสามารถยกไม่ได้ แต่จาลัล อลดินไม่ทราบเลยว่ากองทัพอัฟกันนั้นไม่มีวันมาช่วยพระองค์ได้ทัน เพราะเจงกิสข่านได้ฉวยโอกาสดังกล่าวยกกำลัง 50,000 นายเข้ามาใกล้แล้ว นี่เป็นการเดินหมากที่สุดยอดอีกครั้งของข่านมองโกล ซึ่งแสดงให้เห็นว่าพระองค์คือยอดนักรบในหน้าประวัติศาสตร์อย่างไม่มีข้อโต้แย้งใดๆ
พยายามหนีไปอินเดีย
ด้วยความที่สถานการณ์วิกฤตอย่างที่สุด จาลัล อลดินไม่มีทางเลือกอื่นนอกจากหนีไปทิศตะวันออกเข้าไปในแผ่นดินอินเดีย แต่สิ่งที่ขวางกั้นพระองค์อยู่คือแม่น้ำสินธุ (Indus River) แม่น้ำสายใหญ่ที่เหมือนกับเป็นป้อมปราการธรรมชาติของแผ่นดินอินเดีย
ระหว่างที่จาลัล อลดินกำลังจะข้ามแม่น้ำนั้นเอง กองทัพมองโกลก็ได้เข้าตีกองระวังหลังของฝ่ายแควเรสเมีย จาลัล อลดินจึงจนปัญญา พระองค์ไม่มีทางเลือกอื่นใดนอกจากทำศึกกับเจงกิสข่าน มหาข่านแห่งมองโกล
กำลังของจาลัล อลดินนั้นด้อยกว่ากองทัพมองโกลมาก พระองค์น่าจะมีทหารม้าเพียง 3,000-5,000 คน และราษฎรอีกประมาณ 30,000 คน ถ้าเปรียบกับกองทัพมองโกล 50,000 คนแล้วก็ไม่ต่างอะไรกับเหยื่ออันโอชะ
อย่างไรก็ดีจาลัล อลดินยังไม่ยอมแพ้ง่ายๆ พระองค์ไม่เหลืออะไรให้เสียอีกต่อไปแล้ว ดังนั้นจะต้องต่อสู้กับกองทัพมองโกลให้รู้แพ้รู้ชนะกันไปข้างหนึ่ง
มหายุทธการแห่งแม่น้ำสินธุ
จาลัล อลดินนั้นรู้จุดแข็งของกองทัพมองโกลดีหลังจากที่ได้ทำศึกกันหลายครั้ง ดังนั้นในครั้งนี้พระองค์จึงจัดกลยุทธ์ให้ปีกขวาของกองทัพอิงกับริมแม่น้ำ ส่วนปีกซ้ายนั้นอยู่บนหน้าผาติดกับแม่น้ำ หรือพูดง่ายๆ คือกองทัพของพระองค์ไม่สามารถถอยหนีไปไหนได้เลย แต่ก็ปิดโอกาสการโดนตีกระหนาบโดยกองทัพม้ามองโกลที่ใช้พื้นที่และความว่องไวในการจัดการกับคู่แข่ง
สำหรับเจงกิสข่านนั้นได้เรียนรู้จากความพ่ายแพ้ของมองโกลที่ยุทธการแห่งปาร์วัน พระองค์จึงจัดกองทัพเป็นรูปพระจันทร์เสี้ยว สองปีกควบคุมโดยโอโกไตและชากาไต โอรสทั้งสอง ส่วนตัวเจงกิสข่านนั้นคุมกำลังเสริมอยู่ด้านหลัง โดยหมายพระทัยว่าถ้าจาลัล อลดินเข้าตีตรงกลางจนแตกฉานหรือว่าพยายามจะตีฝ่า พระองค์จะส่งกองทัพนี้เข้าสนับสนุน และตีกองทัพของจาลัล อลดินให้แตกพ่ายไป
อย่างไรก็ดีในวันนั้นกองทัพมองโกลเหน็ดเหนื่อยไม่น้อย เพราะเจงกิสข่านได้สั่งให้กองทัพเร่งยกมาก่อนที่จาลัล อลดินจะข้ามแม่น้ำสินธุ
การศึกเปิดขึ้นด้วยการเข้าตีของกองทัพมองโกล โอโกไต บุตรชายของเจงกิสข่านได้ส่งกองทัพเข้าโจมตี แต่ทหารแควเรสเมียต้านทานได้อย่างแข็งแกร่ง ทหารมองโกลถูกตีถอยกลับมาหลายต่อหลายครั้ง แม้ว่าเจงกิสข่านจะทุ่มกำลังเข้าไปสักเท่าไรก็ตาม ปีกซ้ายและขวาของฝ่ายควาเรสเมียก็ยังไม่แตกฉาน
ณ จุดๆ นี้เป็นจุดไคลแม็กซ์ของยุทธการแม่น้ำสินธุ แม่ทัพของทั้งสองฝ่ายได้ใช้ “ท่าไม้ตาย” ออกมาในเวลาใกล้กัน กล่าวคือจาลัล อลดินได้ส่งกำลังเข้าตีส่วนกลางของกองทัพมองโกล ส่วนเจงกิสข่านได้สั่งให้แม่ทัพบีลาโนยัน (Bela Noyan) นำกองทหารบากาตูร์ (Baghatur) ที่เป็นกองทหารที่เก่งกาจที่สุดในกองทัพปีนหน้าผาเพื่อเข้าโจมตีปีกซ้ายของกองทัพแควเรสเมีย
กองทหารบากาตูร์ถูกสกัดกั้นอย่างหนาแน่น ทำให้ทหารมากมายตกหน้าผาและล้มตายลงไปจำนวนมาก แต่ทหารบางส่วนก็ขึ้นผาได้สำเร็จ และเข้าโจมตีปีกซ้ายของกองทหารแควเรสเมียอย่างดุเดือด
ขณะเดียวกันกองทัพของจาลัล อลดินได้เข้าตีส่วนกลางของฝ่ายมองโกล ซึ่งจากบันทึกทางประวัติศาสตร์นั้นได้ระบุว่า จาลัล อลดินเกือบเข้าถึงตัวเจงกิสข่าน และทำให้เหล่าองครักษ์ต้องนำตัวข่านมองโกลออกไปจากสมรภูมิ แต่สุดท้ายแล้วกองทัพมองโกลก็ตั้งยันการโจมตีไว้ได้ และยังได้สังหารเตมูร์ มาลิค ขุนศึกผู้เก่งกาจของจาลัล อลดินด้วย
แม้ว่าปีกซ้ายจะถูกตีกระหน่ำอย่างหนักจากสองด้าน แต่ก็ยังไม่แตก ปีกที่แตกก่อนกลับเป็นกองทหารเติร์กของอามิน มาลิคที่ไปยั่วยุหัวหน้าของพวกอัฟกันนั่นเอง อามิน มาลิคพยายามหลบหนี แต่ก็ไม่วายถูกกองทัพมองโกลสังหาร
ในเวลานั้นกองทัพมองโกลควบคุมสถานการณ์ได้ทั้งหมดแล้ว แต่จาลัล อลดินยังคงต่อสู้ต่อไปอย่างกล้าหาญ แม้ว่าจะผ่านไปถึงเวลาเที่ยงแล้วก็ตาม จนสุดท้ายอัคแฮช มาลิค พระญาติสนิทเร่งมาทูลให้เสด็จหนี ตัวจาลัล อลดินจึงได้สติ และหาทางหลบหนี
กองทหารที่เหลืออยู่ของจาลัล อลดินมีอยู่น้อยนิด รายรอบพระองค์เต็มไปด้วยกองทัพมองโกล แต่จาลัล อลดินนั้นไม่ยอมแพ้ พระองค์นำกองทหารที่เหลืออยู่เข้าโจมตีกองทหารบากาตูร์ที่ควบคุมบริเวณหน้าผาอยู่จนแตกกระจัดกระจาย จนสุดท้ายพระองค์ก็เสด็จมาถึงขอบผาสูง 30 ฟุต และทำสิ่งที่ไม่มีใครคาดคิด นั่นคือพระองค์ขี่ม้ากระโดดลงจากผาแล้วข้ามแม่น้ำสินธุลงไปอย่างห้าวหาญ
เจงกิสข่านนั้นมองเห็นวีรกรรมดังกล่าวของจาลัล อลดินด้วยพระองค์เอง พระองค์ถึงกับตรัสให้โอรสทั้งสองของพระองค์ให้ดูความห้าวหาญของจาลัล อลดิน และตรัสขึ้นมาว่า
ใครที่ได้บุตรเช่นนี้ถือว่าโชคดีเป็นอย่างยิ่ง
เจงกิสข่านได้สั่งไม่ให้เหล่านักธนูระดมยิงจาลัล อลดินเพื่อเป็นการชื่นชมความกล้าหาญ แต่ทหารที่เหลือของจาลัล อลดินนั้นไม่ได้ไว้ชีวิต เหล่านักธนูยิงสังหารพวกเขาไปเป็นจำนวนมาก แต่ก็มีไม่น้อยเช่นกันที่หนีข้ามแม่น้ำสินธุตามจาลัล อลดินไปได้สำเร็จ
ยุทธการแห่งแม่น้ำสินธุจึงจบลงด้วยชัยชนะของเจงกิสข่าน ข่านมองโกลได้จับเป็นครอบครัวของจาลัล อลดินไว้ได้แทบทั้งหมด และได้สั่งให้ประหารชีวิตทุกคนที่เป็นชายจนหมดสิ้น ดังนั้นแม้ว่าจาลัล อลดินจะรอดชีวิตไปได้ แต่พระองค์ก็เสียไปแล้วทุกสิ่ง ไม่ว่าจะเป็นแผ่นดิน ครอบครัว ขุนทหาร ฯลฯ
แต่พระองค์ก็ยังไม่ยอมแพ้ และยังคงยืนหยัดต่อสู้กับกองทัพมองโกลต่อไป