การลุกฮือที่ล้มเหลวที่คูซโกทำให้แมนโค อินคา ตัดสินใจทิ้งดินแดนอินคาเกือบทั้งหมดให้กับพวกสเปน และถอยเข้าไปในป่าลึกไปตั้งอาณาจักรใหม่ของตนเองเงียบๆ ในแถบ Antisuyu หรือป่า amazon อันกว้างใหญ่นั่นเอง
หากแต่ว่าในเวลานั้น ทุกสายตาในจักรวรรดิอินคากลับพุ่งไปที่การต่อสู้ของพวกสเปน หรือ ระหว่างพี่น้องปิซาร์โรกับอัลมาโกรเหนือดินแดนเปรู
พวกสเปนเริ่มสู้กันเอง
หลังจากที่กองกำลังอินคาถอยไปหมดแล้ว กองทัพของอัลมาโกรก็เข้าเมืองคูซโกได้สำเร็จ ทันทีที่เข้าเมืองคูซโกได้ เขาจับเออร์นันโดและกอนซาโล สองพี่น้องปิซาร์โรเข้าไปในคุกทันที
การกระทำของอัลมาโกรเป็นการประกาศสงครามกับฟรานซิสโก ปิซาร์โร พี่ชายคนโตของครอบครัวปิซาร์โรที่อยู่ที่ลิมา ปิซาร์โรจึงส่งทหารสเปนจำนวน 500 นายจากลิมามายังคูซโก
ทหารกองนี้นำมาโดยอลองโซ อัลวาราโด นายทหารสเปนที่มีประสบการณ์สูงมาก เขาเคยต่อสู้กับชาวพื้นเมืองมาแล้วอย่างโชกโชน
หากแต่ว่าฝ่ายอัลมาโกรเองก็มีนายทหารที่มีฝีมือเช่นกัน รองแม่ทัพของอัลมาโกรนามว่า โรดริโก อโกเนีย (Rodrigo Orgóñez) เป็นนายทหารที่เคยต่อสู้กับกองทัพฝรั่งเศสในยุโรปมาแล้ว อโกเนียเป็นหนึ่งในทหารสเปนที่มีส่วนจับกุมกษัตริย์ฟรานซิสที่ 1 ในยุทธการแห่งปาเวีย
ดังนั้นทั้งสองฝ่ายจึงสูสีกันเป็นอย่างยิ่ง แต่เอาเข้าจริงไม่ได้เป็นเช่นนั้นเลย
อโกเนียตัดสินใจเข้าโจมตีทหารของอัลวาราโดก่อนในเวลากลางคืน การโจมตีที่รวดเร็วและไม่ได้ตั้งตัวทำให้ทหารของอัลวาราโดทิ้งอาวุธยอมจำนนต่ออโกเนียแทบทั้งหมด
หลังจากได้รับชัยชนะ อัลมาโกรสั่งให้อโกเนียนำกองกำลังติดตามแมนโค อินคาเข้าไปในดินแดน antisuyu แต่สุดท้ายก็ตามไม่ทัน พวกสเปนยึดทรัพย์สินได้จำนวนหนึ่งเท่านั้น แมนโค อินคา จักรพรรดิของชาวอินคาหนีเข้าป่าแอมาซอนอันลึกลับไปเสียแล้ว
การตายของอัลมาโกร
ที่ลิมา ปิซาร์โรกังวลในความปลอดภัยของพี่น้องของตนที่ถูกจับอยู่ในคูซโก เขาจึงส่งทูตไปยังคูซโกเพื่อเจรจากับอัลมาโกร
อย่างไรก็ตามในใจของปิซาร์โรไม่เคยคิดจะสงบศึกกับอัลมาโกร เขาเพียงต้องการซื้อเวลาเพื่อรอกองทัพสนับสนุน โดยเฉพาะพลแม่นปืนที่กำลังเดินทางมาจากอาณานิคมอื่นๆ ของสเปนในทวีปอเมริกา
อโกเนียเสนอให้อัลมาโกรสังหารทั้งเออร์นันโดและกอนซาโลเสียเพื่อป้องกันไม่ให้ทั้งสองกลับมาแว้งกัดอีก แต่อัลมาโกรใจไม่แข็งพอ เขากลัวว่าจะเสียความชอบธรรมในสายตาของกษัตริย์สเปน เมื่อปิซาร์โรส่งทูตมาเจรจา เขาจึงยินดีต่อรองด้วย
ระหว่างที่ต่อรองนั้นเอง กอนซาโล น้องชายคนสุดท้องของตระกูลปิซาร์โรหลบหนีไปได้ แต่การเจรจายังคงดำเนินต่อไป จนกระทั่งทั้งสองฝ่ายตกลงกันได้ว่า อัลมาโกรจะยอมปล่อยตัวเออร์นันโด แลกกับการที่ปิซาร์โรยอมรับว่าคูซโกอยู่ในการปกครองของอัลมาโกร
ปิซาร์โรทำเป็นยอมรับข้อเสนอไปก่อนเพื่อที่เออร์นันโด น้องชายของเขาจะได้รอดตาย อัลมาโกรหลงกลเลยปล่อยเออร์นันโดออกมาในที่สุด
เมื่อได้ตัวน้องชายกลับมาแล้ว ไม่ต้องสงสัยเลยว่าปิซาร์โรจะตระบัดสัตย์ กองทัพขนาดใหญ่ถูกส่งมาทันทีเพื่อโจมตีอัลมาโกรให้วอดวาย ทั้งสองฝ่ายประจัญหน้ากันที่ยุทธการแห่งลาส ซาลินาส (Las Salinas)
กองกำลังของปิซาร์โรมีจำนวนมากกว่ากองกำลังของอัลมาโกร แต่ในเวลานั้นอัลมาโกรมีอาการป่วย ทำให้กองกำลังทั้งหมดของเขาอยู่ภายใต้การควบคุมของอโกเนีย
การต่อสู้ดำเนินไปอย่างดุเดือด ทหารราบสู้ตัวต่อตัวกับทหารราบ ทหารม้าต่อสู้ตัวต่อตัวกับทหารม้า แต่ในเวลาไม่นานพลปืนที่มากกว่าของปิซาร์โรเริ่มได้เปรียบ ทหารของอัลมาโกรล้มลงตามลำดับเพราะการยิงของพลปืนเหล่านี้
ทหารของอัลมาโกรถูกทหารของปิซาร์โรกดดันทีละน้อย จนสุดท้ายก็แตกกระเจิง อโกเนียถูกทหารของปิซาร์โรสังหารกลางสมรภูมิ ชัยชนะอันเด็ดขาดที่ลาส ซาลินาสจึงเป็นของฝ่ายปิซาร์โร
อัลมาโกรหนีออกจากสมรภูมิไปอย่างคูซโกได้สำเร็จ แต่สุดท้ายกองทหารของปิซาร์โรยกตามมาถึง และจับกุมตัวเขาได้โดยละม่อม อัลมาโกรพยายามร้องขอชีวิตแต่ก็ไม่เป็นผล
เออร์นันโดมองอดีตผู้ที่เคยจับกุมตัวเขาไว้อย่างเหยียดหยาม และนำตัวอัลมาโกรไปประหารชีวิตด้วยวิธีการรัดคอ วิธีการเดียวกับที่อัลมาโกรเคยเรียกร้องให้ฟรานซิสโก พี่ชายของเขาสังหารอตาฮวลปา
ภายในเสี้ยววินาที อดีตนักรบ Conquistador ที่มีอำนาจมากที่สุดคนหนึ่งในทวีปอเมริกาใต้ก็หมดลมหายใจ ศีรษะของเขาถูกตัดหลังจากที่เขาตายแล้วและนำไปประจานที่กลางเมืองคูซโก
ตามล่าแมนโค อินคา
หลังจากปราบปรามอัลมาโกรได้แล้ว ปิซาร์โรใช้เวลาไปกับการไล่ตามแมนโค อินคา แต่ปิซาร์โรพบว่าไม่ใช่เรื่องง่ายเลยที่จะจัดการจักรพรรดิอินคาผู้นี้ แมนโค อินคาได้เรียนรู้จากความผิดพลาดที่ผ่านมา และใช้การซุ่มโจมตีจัดการทหารสเปน ทำให้ทหารสเปนล้มตายลงไปมากมาย
ในขณะนั้นปิซาร์โรต้องการให้เออร์นันโดเดินทางกลับไปสเปน สาเหตุแรกคือเออร์นันโดมีศัตรูมากมายหลังจากที่ได้สังหารอัลมาโกร นอกจากนี้เขายังต้องการให้น้องชายคนนี้กลับไปทูลแก้ต่างต่อกษัตริย์สเปนในเรื่องการตายของอัลมาโกรด้วย
ดังนั้นเออร์นันโดจึงเดินทางกลับสเปนไปอีกครั้งหนึ่ง ทั้งสามพี่น้องไม่รู้เลยว่านั่นเป็นครั้งสุดท้ายที่ได้เห็นกันและกัน
เมื่อเออร์นันโดเดินทางกลับไปแล้ว ปิซาร์โรจึงสั่งให้กองกำลังบุกไปทางตะวันออกเพื่อจัดการกับแมนโค อินคา แต่พวกสเปนเผชิญกับความยากลำบากมาก เพราะพวกเขาแทบไม่เห็นตัวศัตรูเลย ทำให้ความเสียหายหนักมากเมื่อเทียบกับการต่อสู้ก่อนหน้านี้
อย่างไรก็ตามพวกสเปนก็เข้ามาใกล้เมือง Vitcos ได้สำเร็จ แมนโค อินคาจึงต้องรีบหลบหนีไป แต่ในครั้งนี้ Cura Ocllo ภรรยาของเขาปฏิเสธที่จะตามเขาไปด้วย เพราะเขาขัดแย้งกับเธอในเรื่องการสังหารน้องชายที่แมนโค อินคาเชื่อว่าเป็นผู้ทรยศ
Cura Ocllo จึงถูกพวกสเปนภายใต้การนำของกอนซาโลจับกุมได้ และถูกสังหารอย่างป่าเถื่อนหลังจากที่เธอพยายามต่อสู้ไม่ให้พวกสเปนล่วงเกินเธอ ในปัจจุบันเธอได้กลายเป็นสัญลักษณ์ของการต่อสู้กับศัตรูต่างชาติของชาวเปรู
อย่างไรก็ตามพวกสเปนก็ยังไม่ได้ตัวแมนโค อินคา เขาและกองกำลังที่เหลืออยู่หนีเข้าไปในป่าลึกทางตะวันออก และสร้างเมืองใหม่ขึ้นชื่อว่าเมือง Vilcabamba
ณ เวลานั้นจึงดูเหมือนว่าดินแดนอินคาทั้งหมดอยู่ในมือของปิซาร์โรแต่เพียงผู้เดียว แต่ปิซาร์โรไม่รู้เลยว่าเวลาของเขาเหลืออยู่อีกไม่นานเท่านั้น
วาระสุดท้ายของปิซาร์โร
ในปี ค.ศ.1541 หรือสามปีหลังจากการตายของอัลมาโกร กลุ่มที่สนับสนุนอัลมาโกรจำนวนมากยังอยู่ในเมืองคูซโก พวกเขาถูกปฏิบัติอย่างเลวร้ายโดยปิซาร์โรและพรรคพวก ด้วยการให้อยู่อย่างยากจนในดินแดนอินคา (เปรู) ต่างจากพรรคพวกของปิซาร์โรที่ใช้ชีวิตอย่างอู้ฟู่หรูหรา
ทุกคนจึงต้องการที่จะล้างแค้น นอกจากนี้พวกเขายังเชื่อว่าถ้าปิซาร์โรตายไปเสีย กษัตริย์สเปนจะต้องส่งผู้ว่าราชการคนใหม่มายังเปรู สถานะของพวกตนน่าจะดีขึ้นภายใต้ผู้ว่าราชการคนใหม่
การเตรียมการสังหารปิซาร์โรจึงเริ่มต้นทันที แต่พวกเขาไม่สามารถเก็บงำความลับได้สำเร็จ
ข่าวลือว่าจะผู้ลงมือสังหารปิซาร์โรกระจายไปทั่วเมืองลิมา เมืองที่ปิซาร์โรได้เพียรพยายามสร้างขึ้น แต่ปิซาร์โรกลับไม่ใส่ใจเท่าใดนัก ปิซาร์โรถึงกับหัวเราะและบอกว่ามันเป็นแค่เรื่องซุบซิบนินทาเท่านั้นเอง
และแล้วในวันที่ 26 มิถุนายน ค.ศ.1541 ก็มาถึง
ผู้สนับสนุนอัลมาโกรจำนวนยี่สิบคนบุกเข้าไปในจวนผู้ว่าของปิซาร์โรที่ลิมา พวกเขาเหล่านี้นำโดยดิเอโก้ อัลมาโกรที่ 2 ลูกชายของอัลมาโกรที่ถูกเออร์นันโดสังหาร เมื่อพวกมือสังหารเจอกับคนของปิซาร์โร พวกเขาก็ใช้ดาบฟาดฟันอย่างไม่ปรานี พรรคพวกของปิซาร์โรไม่ทันตั้งตัวจึงถูกฆ่าฟันเป็นอลหม่าน
ปิซาร์โรเห็นอันตรายมาถึง เขาจึงรีบเข้าไปในห้องและพยายามสวมใส่เกราะเหล็ก เช่นเดียวกับชาเวซ ผู้ช่วยของเขาที่เคยสังหารหมู่เด็กชาวอินคาหลายร้อยคน พวกมือสังหารเข้าถึงตัวชาเวซก่อน ชาเวซที่เคยเหี้ยมโหดกลับร้องขอชีวิตอย่างน่าละอาย พวกมือสังหารกลุ้มรุมสังหารชาเวซด้วยการฟาดฟันด้วยดาบจนเขานอนจมกองเลือดสิ้นชีวิต
ระหว่างที่พวกมือสังหารจัดการกับซาเวช ปิซาร์โรยังไม่ประสบความสำเร็จในการสวมใส่เกราะหนาของตน ทำให้ร่างของเขาถูกคลุมด้วยเกราะเพียงครึ่งเดียวเท่านั้นเมื่อพวกมือสังหารจำนวนยี่สิบคนตรงเข้ามาหาเขา
ปิซาร์โรเห็นว่าไม่ทันการจึงรีบหยิบดาบขึ้นมาเพื่อป้องกันตัว รอบกายเขามีองครักษ์และผู้ช่วยอีก 4 นาย ส่วนพวกมือสังหารมีจำนวน 20 นาย ปิซาร์โรไม่ได้ร้องขอชีวิตเหมือนคนอื่นๆ เขาจับดาบต่อสู้อย่างกล้าหาญ
เมื่อเวลาผ่านไป คนที่อยู่รายรอบตัวปิซาร์โรก็ล้มลง จนสุดท้ายเหลือแต่เพียงปิซาร์โรแต่เพียงผู้เดียว ปิซาร์โรได้สังหารมือสังหารไปสองคนก่อนหน้านี้ ทำให้ในเวลานั้นเป็นการต่อสู้ระหว่างตัวเขากับมือสังหารอีก 18 คน
ไม่ต้องสงสัยว่าปิซาร์โรไม่สามารถต่อสู้ได้ แต่เขาก็ต่อสู้อย่างเต็มที่ เขาถูกฟันครั้งแล้วครั้งเล่าจากพวกมือสังหาร ดาบหนึ่งของพวกมือสังหารฟันเข้าใส่คอของปิซาร์โร ทำให้เขานอนจมกองเลือดรอความตายอยู่ที่บริเวณนั้น
ปิซาร์โรพยายามใช้เลือดของตนเองวาดเป็นรูปไม้กางเขน และขอพวกมือสังหารให้เวลาเขาสารภาพบาปต่อพระเจ้า แต่พวกมือสังหารปฏิเสธ หนึ่งในมือสังหารเขวี้ยงแจกันที่มีน้ำอยู่เต็มเข้าที่หัวของปิซาร์โรเต็มแรง และตวาดปิซาร์โรว่า
ให้ไปสารภาพบาปกับพระเจ้าในนรกเถิด
Kim Macquarrie, The Last Days of the Incas
หลังจากถูกกระแทกที่ศีรษะอย่างแรง ปิซาร์โรก็แน่นิ่งไป เป็นอันจบชีวิตนักรบผู้พิชิตจักรวรรดิอินคาแต่เพียงเท่านี้
กฎหมายใหม่
การตายของปิซาร์โรทำให้อิทธิพลของตระกูลปิซาร์โรลดลงไปอย่างมาก ดินแดนเปรูอยู่ในมือของเดอ คาสโตรผู้ว่าราชการคนใหม่ เดอ คาสโตรได้ปราบปรามกลุ่มของอัลมาโกรที่สังหารปิซาร์โรได้สำเร็จ ผู้สนับสนุนอัลมาโกรได้หลบหนีเข้าไปร่วมกับแมนโค อินคาที่ Vilcabamba
หากแต่ว่าพวกสเปนที่สนับสนุนอัลมาโกรเหล่านี้กลับไปสังหารแมนโค อินคาเสียเพราะคิดว่าถ้าพวกเขาทำความดีความชอบ กษัตริย์สเปนจะแต่งตั้งให้พวกเขามียศศักดิ์และความร่ำรวย
แมนโค อินคาจึงล่วงลับไปทั้งๆที่ยังทำความปรารถนาของเขาไม่สำเร็จ อย่างไรก็ตามพวกสเปนที่สังหารเขาก็หนีไม่รอด ทุกคนต่างถูกพวกอินคาสังหารจนหมด
ในเวลานั้นเองได้มีกระแสเรียกร้องให้ชาวสเปนปฏิบัติต่อชาวอินคาดีขึ้น ชาร์ลส์ที่ 5 กษัตริย์สเปนก็เห็นด้วย ในปี ค.ศ.1542 ราชสำนักสเปนจึงมีคำสั่งให้บังคับใช้กฎหมายใหม่ในดินแดนเปรู กฎหมายนี้ได้จำกัดอำนาจของพวก encomienda ที่ปิซาร์โรเคยแต่งตั้งไว้อย่างมาก พวกเขาไม่ได้รับอนุญาตให้ใช้แรงงานชาวอินคาท้องถิ่นอีกต่อไป และในระยะยาวจะยกเลิกระบบนี้ทั้งหมด
พวก encomienda ที่ใช้ชีวิตโดยหากินกับชาวอินคาท้องถิ่นจึงรู้สึกไม่พอใจ กลุ่มนี้นำโดยกอนซาโล ปิซาร์โร พี่น้องปิซาร์โรคนสุดท้ายที่อยู่ในเปรู สุดท้ายพวกเขาจึงก่อกบฎขึ้น
พวกกบฏได้รับการสนับสนุนมากจากพวกสเปนที่อยู่ในเปรู ทำให้มีกำลังมากกว่ากองทหารของผู้ว่าราชการ Blasco Núñez Vela กอนซาโลประสบความสำเร็จในการขับไล่กองทหารหลวง และสังหารผู้ว่าราชการกลางสมรภูมิ
การกระทำของกอนซาโลเป็นการประกาศสงครามระหว่างตัวเขาและแผ่นดินแม่อย่างเป็นทางการ!
ดินแดนเปรูของสเปน
ชาร์ลส์ที่ 5 ทราบเรื่องการกบฎจึงส่งผู้ว่าราชการคนใหม่ชื่อ เดอ ลา กาสคา มายังเปรูพร้อมกองทัพหลวงที่มากกว่าเดิม ผู้ว่าราชการคนใหม่ใช้การประนีประนอม เขาประกาศว่าเขาจะยังไม่ใช้กฎหมายใหม่ และบอกทหารของกอนซาโลว่าถ้าใครยอมจำนนจะได้รับการอภัยโทษ
ดังนั้นทหารจำนวนมากของกอนซาโลต่างทิ้งอาวุธ และไปยอมจำนนต่อกองทัพหลวง
ในการสัประยุทธ์กัน กอนซาโลจึงพ่ายแพ้ยับเยิน ตัวเขาถูกจับกุมและประหารชีวิตด้วยการตัดหัวทันทีจากข้อหาเป็นกบฎต่อกษัตริย์สเปน
สำหรับเออร์นันโด เขาเป็นพี่น้องปิซาร์โรคนเดียวที่ได้สิ้นชีวิตบนเตียง เขาเสียชีวิตในปี ค.ศ.1578 ในที่พำนักของเขาในสเปน
หลังจากนั้นเดอ ลา กาสคาได้จัดการเปรูให้เป็นระเบียบเรียบร้อย ระบบ encomienda ถูกแทนที่โดยระบบ Repartitmiento ที่ปรับปรุงการเกณฑ์แรงงานท้องถิ่นให้มีความเป็นธรรมมากขึ้น
อาณาจักรอินคาพลัดถิ่นที่ก่อตั้งโดยแมนโค อินคา อยู่ได้มาจนถึงปี ค.ศ.1572 ก็ถูกพวกสเปนทำลายทิ้งเสีย ดินแดนในแถบนั้นทั้งหมดจึงอยู่ในกำมือของสเปน และปกครองโดยผู้ว่าราชการที่ส่งมาจากสเปนโดยตรง
พวกสเปนปกครองเปรูอยู่นานเกือบสามร้อยปีจนกระทั่ง ซีมอน โบลิวาร์ (Simón Bolívar) เอาชนะพวกสเปนได้สำเร็จและได้ประกาศให้ดินแดนในอเมริกาใต้ของสเปนทั้งหมดเป็นอิสระ ยุคสมัยแห่งอาณานิคมเหนือดินแดนเหล่านี้จึงกลายเป็นอดีตในที่สุด