ต้นพระศรีมหาโพธิ์ต้นที่พระพุทธเจ้าทรงตรัสรู้เป็นสหชาติของพระพุทธเจ้า กล่าวคือมันเกิดในวันเดียวกันกับพระพุทธองค์ ตามความเชื่อของพระพุทธศาสนาเป็นเช่นนั้น แต่ในหน้าประวัติศาสตร์ เราไม่สามารถบอกได้ว่าจริงหรือไม่
หลังจากพุทธปรินิพพาน ต้นพระศรีมหาโพธิ์ต้องเผชิญกับการทำลายอยู่หลายครั้ง แต่เมื่อใดที่มันถูกทำลาย จะมีต้นใหม่ถูกปลูกขึ้นแทนที่ จนกระทั่งถึงทุกวันนี้
ถูกทำลายครั้งแรก
ใต้ต้นพระศรีมหาโพธิ์มีสถานที่สำหรับเคารพสักการะสำหรับชาวพุทธมาตั้งแต่สมัยพระพุทธเจ้ายังทรงมีพระชนม์ชีพอยู่ หลังจากพุทธปรินิพพาน ต้นพระศรีมหาโพธิ์ก็ยังเป็นที่สักการะบูชาสืบต่อมา เพราะว่าตัวต้นไม้เปรียบเสมือนเป็นตัวแทนพระพุทธเจ้าและการตรัสรู้ของพระองค์
นอกจากนี้พระราชาแห่งแคว้นมคธอย่างพระเจ้าอชาตศัตรูก็ยังทรงสนับสนุนพระพุทธศาสนาเป็นอย่างดี ทำให้ต้นพระศรีมหาโพธิ์ได้รับการดูแลเป็นอย่างดีจนกระทั่งถึงสมัยพระเจ้าอโศกมหาราช (Ashoka the Great)
พระเจ้าอโศกมหาราชทรงศรัทธาในศาสนาพุทธอย่างมาก พระองค์จึงเสด็จมาปฎิบัติธรรมและสักการะต้นพระศรีมหาโพธิ์บ่อยครั้งตามแบบอย่างของชาวพุทธที่ดี แต่การที่พระองค์เสด็จไปนั่งสมาธิบ่อยเช่นนั้น ทำให้เวลาที่ให้พระมเหสีน้อยลง ดังนั้นพระนางติสรขะ พระมเหสีองค์ที่ห้าของพระองค์ทรงไม่พอพระทัยเป็นอย่างยิ่ง
ดังนั้นพระนางจึงได้ลักลอบนำยาพิษและน้ำร้อนไปราดใส่ต้นพระศรีมหาโพธิ์จนต้นพระศรีมหาโพธิ์ตายลงในที่สุด
เมื่อพระเจ้าอโศกมหาราชทรงทราบว่าต้นพระศรีมหาโพธิ์ตายลง พระองค์ทรงเสียพระทัยยิ่งนัก พระองค์โปรดให้นำน้ำนมโค 100 หม้อในรดที่ต้นพระศรีมหาโพธิ์ และทรงภาวนาด้วยความตั้งพระทัยขอให้ต้นพระศรีมหาโพธิ์แตกหน่อขึ้นมาใหม่
ปรากฎว่าต้นพระศรีมหาโพธิ์แตกหน่อขึ้นมาจริงๆ พระเจ้าอโศกมหาราชทรงดีพระทัยยิ่งนัก พระองค์โปรดให้ก่อกำแพงล้อมต้นพระศรีมหาโพธิ์ไว้โดยรอบ เพื่อป้องกันภัยอันตรายที่อาจจะเกิดขึ้นอีก พระเจ้าอโศกยังได้ทรงสร้างวิหารไว้ใกล้ๆ ในบริเวณนั้นอีกด้วย
ต้นพระศรีมหาโพธิ์ตอนนี้จึงถือว่าเป็นต้นที่ 2 และได้เจริญงอกงามในสถานที่เดิมที่ต้นเดิมเคยอยู่มานาน จนกระทั่งหลายร้อยปีต่อมา
โดนทำลายเป็นครั้งที่สอง
ช่วง 200 ปีก่อนคริสตกาล ในสมัยของพระเจ้าปุษยมิตรสุงคะ แห่งราชวงศ์สุงคะ ต้นพระศรีมหาโพธิ์ก็ประสบกับการทำลายครั้งสำคัญอีกครั้งหนึ่ง
พระเจ้าปุษยมิตรสุงคะเป็นกษัตริย์พราหมณ์ พระองค์ทรงเป็นศัตรูกับพระพุทธศาสนา พระเจ้าปุษยมิตรศุงคะทรงกวาดล้างพระพุทธศาสนาอย่างเหี้ยมโหด พระองค์โปรดให้ทำลายวัด สังหารพระเณร รวมไปถึงชาวพุทธทั่วไป เหตุการณ์นี้น่าจะเป็นครั้งแรกที่ศาสนาพุทธโดนกวาดล้างอย่างเป็นระบบเช่นนี้
หลักฐานพุทธว่าไว้ว่า พระเจ้าปุษยมิตรสุงคะทรงนำกำลังมาจะทำลายต้นพระศรีมหาโพธิ์ แต่พระองค์กลับถูกเทวดาที่รักษาต้นพระศรีมหาโพธิ์แปลงกายมาเป็นผู้หญิงสังหารทิ้งเสีย ฉบับของหลักฐานพุทธดูเหมือนว่าจะเป็นตำนานมากกว่าที่จะเป็นประวัติศาสตร์ เพราะในฉบับที่เป็นประวัติศาสตร์กล่าวไว้ค่อนข้างชัดเจนว่า ต้นพระศรีมหาโพธิ์ได้ถูกตัดโดยพระเจ้าปุษยมิตรสุงคะ แต่ต้นพระศรีมหาโพธิ์ไม่ได้ตายลงแต่อย่างใด
ต้นพระศรีมหาโพธิ์ต้นที่ 2 จึงอยู่ ณ ที่เดิมสืบต่อมา
โดนเผาราก?
จนกระทั่งในปี ค.ศ. 600 ศศางกะ กษัตริย์แห่งแคว้นเคาฑะ (Gauda) ในเบงกอลได้ยกกำลังมาจากเบงกอลเพื่อรุกรานแคว้นมคธ
กองทัพของพระองค์ได้เข้ามาถึงพุทธคยา ศศางกะมีรับสั่งให้ทำลายต้นพระศรีมหาโพธิ์ต้นที่ 2 ด้วยการขุดรากขึ้นมาเผาจนต้นพระศรีมหาโพธิ์ตายลง นอกจากนี้ยังมีรับสั่งให้นำพระพุทธรูปที่พุทธคยาออกมาทำลายทิ้ง แล้วนำศิวลิงค์นำไปวางไว้แทน
ต้นพระศรีมหาโพธิ์ต้นที่ 2 จึงตายลงด้วยน้ำมือของศศางกะ แต่หลังจากนั้นไม่นาน พระเจ้าปรณวรมาก็ทรงปลูกต้นพระศรีมหาโพธิ์ขึ้นมาอีกครั้งหนึ่งในกรรมวิธีคล้ายๆ กับพระเจ้าอโศกมหาราช ต้นพระศรีมหาโพธิ์ต้นนี้จึงเป็นต้นที่ 3
อย่างไรก็ตาม นักประวัติศาสตร์ชื่อดังของอินเดียอย่าง ราเมช จันทะ มาจัมดาร์ ให้ความเห็นว่าหลักฐานดังกล่าวไม่น่าเชื่อถือ เพราะตัวหลักฐานถูกเขียนขึ้นโดยนักเขียนพุทธหลังเหตุการณ์นานถึง 500 ปี ดังนั้นการทำลายต้นพระศรีมหาโพธิ์ครั้งนี้จึงอาจจะไม่เคยเกิดขึ้นเลยก็เป็นได้
หลังจากศาสนาพุทธหมดไปจากอินเดีย
หลังจากนั้นต้นพระศรีมหาโพธิ์นี้ตั้งอยู่โดยไม่มีใครรบกวนเป็นเวลานานมาก โดยต้นดังกล่าวอยู่มาจนถึงปี ค.ศ 1875 หลายร้อยปีหลังจากศาสนาพุทธหมดสิ้นไปจากอินเดีย พุทธคยาเองก็ลืมเลือนไปจากความทรงจำของชาวอินเดียไปจนหมดสิ้นแล้ว
เซอร์อเล็กซานเดอร์ คันนิ่งแฮม นักสำรวจชาวอังกฤษได้สืบเสาะตามหลักฐานเก่าๆ มาจนถึงพุทธคยา เขาบันทึกไว้ว่า ต้นพระศรีมหาโพธิ์ที่เขาค้นพบทรุดโทรมลงมาก ลำต้นบางส่วนก็เน่าแล้ว เพราะปราศจากการดูแลรักษา
สามปีต่อมา บริเวณพุทธคยาเกิดพายุใหญ่ ต้นพระศรีมหาโพธิ์จึงหักโค่นลงเพราะแรงลม และตายหลังจากนั้นไม่นาน
ในปี ค.ศ.1881 เซอร์คันนิ่งแฮมจึงได้นำหน่อของต้นพระศรีมหาโพธิ์มาปลูกใหม่ ณ จุดเดิมที่มันตั้งอยู่มาเป็นเวลาสองพันกว่าปี ต้นพระศรีมหาโพธิ์ที่พุทธคยาจึงเป็นต้นที่คันนิ่งแฮมปลูกไว้นั่นเอง
ประวัติของต้นพระศรีมหาโพธิ์แสดงให้พุทธศาสนิกชนเห็นถึงธรรมะข้อหนึ่งของศาสนาพุทธได้เป็นอย่างดี นั่นคือกฎไตรลักษณ์ หรือทุกสิ่งต้องเกิด ตั้งอยู่ และดับไป